離子阱的定性問(wèn)題：空間電荷效應是離子阱一切問(wèn)題的根源。不管什么樣的離子阱，不管怎么去控制阱里面的離子數量，這個(gè)效應一直存在。離子互相碰撞會(huì )產(chǎn)生離子反應，離子反應的結果導致：
 （1）創(chuàng )造出樣品中不存在的離子，給定性帶來(lái)大大的困擾，專(zhuān)業(yè)術(shù)語(yǔ)叫“鬼峰（ghost peak）”。
 （2）譜庫檢索匹配度低，質(zhì)譜的定性依賴(lài)于譜庫檢索，所謂匹配度低，是指離子阱的譜圖和標準譜庫中的譜圖相似性低，比較難確定被測物到底是不是譜庫中那個(gè)東西。舉個(gè)例子，現在人臉識別的準確度很高，但是如果拍出來(lái)的照片是糊的或者五官變形的，當然就識別不出來(lái)或者會(huì )張冠李戴。譜庫檢索匹配度低的原因：存在鬼峰、碎片離子強度比例畸變等。
 （3）定性結果不穩定，據用戶(hù)反映，離子阱氣質(zhì)聯(lián)用如果進(jìn)樣量不同，或者樣品的前處理方法不同（如用不同的溶劑萃?。?，出來(lái)的碎片譜圖可能會(huì )不一樣。